Museets permanente byhistoriske utstilling har tittelen; Tidene skifter - byen består. Da de svenske troppene herjet Olav den Helliges by ved Sarpefossen våren 1567 ba de ruinerte innbyggerne kong Fredrik II om å få flytte byen nærmere Glommas munning. Dokumentet som stadfester kongens tillatelse er datert den 12. september 1567. Her starter Fredrikstads historie. Finn ut mer om byhistorien i Tøihuset.